La Pinacoteca Vaticana fa parte dei Musei Vaticani dal 1932 quando per volere del Papa Pio XI venne costruito l'edificio per ospitare la pinacoteca. Al suo interno sono ospitate le opere di artisti come Raffaello, Caravaggio, Leonardo e Giotto.

Fondato da papa Gregorio XVI nel 1839, il museo ospita una vasta collezione di reperti dell'antico Egitto. Il materiale esposto comprende papiri, mummie, iscrizioni geroglifiche, il famoso Libro dei morti e la Collezione Grassi.

Il Museo Gregoriano Profano ospita la raccolta di antichità che un tempo faceva parte del Museo Lateranense, oggi scomparso. Fondato da Gregorio XVI nel Palazzo del Laterano nel 1844, e venne trasferito in Vaticano per volere di Giovanni XXIII e riaperto nel 1970.

Fondato da papa Gregorio XVI nel 1836 per raccogliere le opere che all'inizio dell'Ottocento venivano scoperte con scavi archeologici nelle città dell'Etruria che a quell'epoca erano parte dello Stato Pontificio. Raccoglie opere e manufatti risalenti al IX-I secolo a.C.

Fondato da Clemente XIV nel 1771 dopo l'acquisizione delle collezioni Mattei e Fusconi, esso venne ampliato dal suo successore, Pio VI, che gli diede un ingresso monumentale con l’Atrio dei Quattro Cancelli e la Scala Simonetti, da cui si accedeva all'atrio di ingresso, la Sala a croce greca.

Il Museo Chiaramonti prende il nome da papa Pio VII (al secolo Barnaba Chiaramonti), che lo fondò agli inizi del XIX secolo. Esso fu allestito e ordinato da Antonio Canova. Presenta una delle più cospicue collezioni di ritratti romani, ma è ricco anche di esempi di scultura ideale e funeraria.

Il museo accoglie, oltre agli oggetti delle culture extraeuropee provenienti dall’Esposizione Universale Missionaria, anche i doni fatti dalle congregazioni religiose missionarie o da privati ai diversi pontefici. Il museo custodisce, tra le altre opere, anche il museo borgiano.

Fondato da Pio IX nel 1854, due anni dopo l'istituzione della Commissione di archeologia sacra, che aveva il compito di dirigere gli scavi nelle catacombe e tutelarne la conservazione; il museo doveva ospitare quei reperti la cui conservazione in loco era impossibile.

Nata dal desiderio di Paolo VI di ripristinare il dialogo tra Chiesa e cultura contemporanea, questa giovane collezione copre un arco cronologico che dalla fine del XIX secolo giunge al Novecento inoltrato.